До складу комплексу входять, по суті, три окремих споруди — пам’ятки культурної спадщини національного значення під різними охоронними номерами: костел Св. Антонія (ох. № 662/1), келії (тобто, власне, монастир ох. № 662/2) та дзвіниця (ох. № 662/3). Ідея спровадження, популярного в той час ордену оо. Бернардинів до Збаража, в знак вдячності за їх участь в якості капеланів у військах кн. Збаразьких, належала ще Янушу Миколайовичу на початку ХVІІ ст. Реалізацію задуму батька розпочав його син кн. Юрій у 1627 р., виділивши в замку Нового Збаража приміщення під каплицю. План був погоджений з провінціалом о. Юрієм Годзішевським. Тимчасове дерев’яне приміщення монастиря було споруджене у Ст. Збаражі поблизу старого костелу і поселено, за погодження з луцьким єпископом Богуславом Радошевським, трьох монахів-бернардинів. Послугами законників цього сакрально-монастирського комплексу користувалися і жителі Ст. Збаража, і мешканці замку (старого). За дослідженням Ю. Кахеля, „…з замку до каплиці прибували через звідний міст над фосою (ровом), що оточувала мури замку“.
Спорудження «першого» костелу у Новому Збаражі розпочалося навесні 1628 року біля підніжжя невеликого пагорба поблизу р. Гнізна. Дещо підмокла територія (не болото(!)) сприяла будівничим в копанні глибоких фундаментів святині, в підземеллях якої було передбачено крипти для померлих. Протягом трьох років було споруджено підземелля храму і розпочато будівництво мурів стін. У лютому 1631 р. був отруєний і помер фундатор святині – Юрій кн. Збаразький. У1635 р. старанням Януша , кн. Вишневецького, основні будівельні роботи були виконані, а ще через два роки зовнішні роботи були завершені (після 09.11.1636 р. будівництвом римо-католицької святині опікувалася Євгенія-Катерина Вишневецька (Тишкевич)). До квітня 1637 р. були завершені роботи по облаштуванню внутрішнього інтер’єру храму, а 05.05.1637 р. його було посвячено луцьким та київським єпископами під титулом Св.мч. Юрія. Храм однонавовий, 19х10 м. з трьома вівтарями (центральний – Св.мч. Юрія, лівий – Божої Матері, правий – Св. Антонія з Падуї). В 40-х роках ХVІІ ст. було закуплено літургійні шати, посуд, меблі і т.п. Якщо у 1648 р. (коли був знищений парафіяльний костел у Ст. Збаражі) та 1649 р. монастирський костел майже не постраждав, то 1675 р. турки, татари і козаки знищили його повністю (врятовано було лише три згадані вівтарні образи) і бердардинський хронікар тоді написав: «Kościoł został obrócony w popiół», а генеральний візитатор закону зазначив у 1687 р. (через 12 років), що «…Teraz wszystko jest zniszczone. Dokoła puste pole. Klasztor stał się rezydencja». Для періоду 1675 – 1723 рр. характерне «мовчання джерел». Граф Юзеф Потоцький після довгих перипетій, отримавши у володіння Збаразьке князівство, радив монахам розпочати будівництво «нового» костелу і дав на початкові роботи 20000 зл. Сам займався спорудженням „альтернативного“ парафіяльного костелу на, так званій, „фарній площі“, яка потім отримала назву на честь короля-визволителя від турків – „пляц Собеського“.
Лише в 1746 р. за ініціативи Станіслава і Вікторії Потоцьких (напевно, Ю. Кахель мав на увазі Гелену (з дому Замойську) – другу дружину (з 1733 р.) Станіслава, а Вікторія Потоцька (його мати) вже не жила у 1732 р.) — розпочато спорудження «другого» бернардинського костелу за проектом і під контролем сілезького архітектора Антонія Ганца. Розпочалися роботи із розібрання руїн костельних мурів і фундаментів (зберігши тільки крипту кн. Януша Вишневецького) і копання нових фундаментів та підземелля під цілою майбутньою святинею для крипт. 21.06.1746 р. закладено і освячено наріжний камінь – і почалося спорудження «другого» храму.
Протягом 1747-1751 рр. святиню було повністю збудовано і накрито дахом з черепиці, а навесні 1752 р. – побілено внутрішні стіни, встановлено центральний вівтар і віддано вірним, хоча роботи по склепінню хорів і будівництво веж тривали. 23 липня 1752 р. костел було урочисто освячено єпископом Францішком Кобельським і поміщено в головному вівтарі ікону Св. Антонія з Падуї, який користувався великою популярністю на Збаражчині. В наступному році в правій вежі стараннями С. Потоцького (за 1800 зл. роботи виконав львівський годинникар Jan Schoedt) було влаштовано годинник, що відбивав години і їх чверті. В лівій вежі поміщено два дзвони, на одному з яких був напис „Rok 1713“, а на другому – „Do modłów czule zapraszam i pokój odłaszam Roku Pańskiego 1732“. Тут також були два менші дзвони з першого костелу. 1754 р. підлогу вимощено мармуровою плиткою білого і чорного кольорів, привезеною з Теребовлі і отиньковано весь костел. Тоді ж було обнесено костельно-монастирський комплекс високим оборонним муром з стрільницями та двома брамами. Не підтверджується натурними дослідженнями інформація Ю. Кахеля, що „мури мали біля 3,50 метра висоти і були збудовані з цегли“.
1 серпня 1755 р. відбулося урочисте посвячення костелу луцьким єпископом Еразмом Воловичем під титулом Св. Антонія. Протягом 1865-66 рр. розпис інтер’єру виконали Андрій Качмарчик з Кракова (фрески) і Ян Дуль (орнамент), а на переломі ХІХ-ХХ ст. фрески поновив львівський художник Юзеф Шидловський за 12000 зл. Цікавою є інформація Ю. Кахеля, що законний костел був у „певному сенсі копією фарної святині …з тою ж самою кількістю вівтарів, присвяченим тим самим святим, ті самі фрески на аркадах“ тощо.
У приміщенні монастиря в середині ХІХ ст. , крім келій і бібліотеки , розміщувалися ще й початкова школа, законна і народна гімназії, казино і офіси повітового уряду, міська читальня. Монастир надавав в оренду ці приміщення, практично, до 1939 р.
Однак, в історії кляштору були не зовсім приємні (чи скоріше, зовсім неприємні) моменти, коли в приміщенні вимушено розміщували (чи хотіли розміщувати) госпіталі та військові лазарети. Так, ще 28 листопада 1837 р. військовий комісар Владислав Людвіг та управитель збаразькими маєтками Потоцьких Францішек Дембінський зажадали від гвардіана монастиря о. Яцка Шелігевича віддати частину монастиря на потреби військового госпіталю на випадок війни (за символічну плату оренди). Але встановлена бернардинами оренда була зумисно настільки високо піднята, що австрійські військові відмовилися. Такі ж безуспішні спроби розміщення госпіталю в частині келій монастиря були в липні 1866 р., а в листопаді 1880 р. – відділ Червоного Хреста для медичного обслуговування поранених австрійських солдатів.
Зовсім по іншому складалися взаємовідносини керівництва кляштору з російською окупаційною владою в період І-ї світової війни, коли в приміщеннях були розквартировані солдати ескадрону драгунів, які самовільно входили до монастиря і порушували законний порядок (за мовчазної згоди міської влади за коменданта міста Леоніда Конаржевича та його заступника Петра Колесникова). Накладена на міщан контрибуція стосувалася і монахів. 17 грудня 1914 р. комендант викликав до себе о. Даниїла Магонського і заявив, що в монастирі буде проведено ревізію майна (як форма репресії по відношенню до монахів з надуманою причиною переховування зброї). Обитель була оточена жандармерією і заступник коменданта з бурмістром Топецером та двома російськими офіцерами обшукали ВСІ приміщення, стрих і пивниці, але так нічого і не знайшли. В 1915 р. в монастирі розмістили військовий госпіталь, виселивши монахів з келій на дах. На подвір’ї перед костелом розташували скирди соломи і сіна для коней, а в монастирському садку була розміщена польова кухня. Всюди були розкидані використані бинти і бандажі, упаковки з лікарських засобів, інший непотріб. Після евакуації госпіталю в жовтні 1915 р. багато монастирських речей було пошкоджено, а цінні — вкрадено. У зв’язку з цим о. Д. Магонський написав скаргу до військового коменданта, на що було отримано відповідь: «Це дрібниці порівняно з тим, що ми могли цілком зруйнувати монастир!» Обурений скаргою гвардіана, а також керівника міста Сергія Сперанського, комендант наказав останнього позбавити посади і вислав на Сибір. Така ж доля чекала б і на о. Даниїла, але за нього вступилися парох о. Александр Заячківський та власник млина Д. Білєр, а лікар др. В.Білінський заплатив за гвардіана великий штраф. „Заступники“ радили Д. Магонському залишити місто, поки його не покинуть росіяни, але він категорично відмовився. Наступна, але аналогічна до попередньої, інвазія московитів до монастиря відбулася саме на Новий 1916 рік. Так само тут було облаштовано госпіталь для солдатів, а через місяць його замінено на ВЕНЕРИЧНУ ЛІКАРНЮ. Чергова депеша о. Д. Магонського вже до командира 6-го корпусу 11-ї Російської армії зазначала, що бернардини вже б згодилися на розміщення поранених солдатів, але лікування хворих на „НАЙПОТВОРНІШУ, НАЙПЛЮГАВІШУ І НАЙВСТИДНІШУ ХВОРОБУ — ВЕНЕРИЧНУ, МАЛО НА МЕТІ ПУБЛІЧНЕ ЗГАНЬБЛЕННЯ МОНАСТИРЯ, ЗНЕВАЖАННЯ МОНАХІВ І НАТЯК ДЛЯ НИХ — ЗАЛИШИТИ ЗБАРАЖ“. Комісія, що прибула зі штабу армії, визнала правомірність таких претензій, але заходів не було вжито ЖОДНИХ і „розпусний диспансер“ пробув у кляшторі аж до жовтня 1916 р.
Чергове перебування росіян в монастирі в серпні-вересні 1917 р. законний хронікар описав наступною фразою: „Настали для монастиря часи євангельських утисків“. На вежі костелу навмисно було вивішено царський штандарт (прапор), щоб провокувати німецьких артилеристів у Чернихівцях для обстрілу монастиря, і звинувачено в цьому монахів (за що було спалено частину монастирських господарських приміщень). 2 листопада 1918 р. росіяни залишили Збараж…
Після Другої світової війни в приміщеннях костелу та монастиря розміщувалась лікарня (яка з 1969 р. перебралася в нове приміщення) та завод „Квантор“.
Брати-бернардини повернулися до Збаража лише у 1990 році. З половини 1994 року ремонтно-будівельні праці проводив бр. Максиміліан Жидовські. Усі богослужіння відбувались у тимчасовій бічній каплиці. На початку серпня 1997 року за невідомих обставин згорів дах монастиря, і з цієї причини брати змушені були перейти жити в приватний дім неподалік від костелу. В 2000 році кардинал Мар’ян Яворський виконав урочисто акт консекрації костелу. З того часу, в літній період, богослужіння відбуваються в храмі при головному вівтарі. Тепер костел як пам’ятка культурної спадщини знаходиться на балансі НЗ „Замки Тернопілля“, а монастир перебуває в оренді у різних державних установах та організацій Збаразької громади.
